Numerose specie, come il ceppo mediterraneo della trota fario e il gambero di fiume, si trovano nelle acque trasparenti del fiume Nera e dei suoi affluenti. Tra i pesci indigeni di grande interesse ci sono la rovella, il barbo tiberino e lo spinarello, che è particolarmente raro in Umbria. Inoltre, il Parco ospita specie minacciate come l'ululone appenninico e la rana appenninica, che sono oggetto di prioritaria conservazione.
Il bacino del Nera è classificato secondo la Carta Ittica come ambiente a Salmonidi (Zona Superiore e Zona inferiore della trota) e cioè l’habitat elettivo dei rappresentanti tipici della famiglia delle trote.
Sono presenti 20 specie ittiche:
11 indigene (55%),
9 introdotte (45%).
La trota fario è la specie più frequente (70,5% delle stazioni). Il cavedano (11,4%) e la rovella (6,7%) sono abbastanza diffuse.
La trota fario, la specie più diffusa nei corsi d'acqua del bacino del fiume Nera, è presente in tutti i tratti ad eccezione dei segmenti più a valle del Velino, del fiume Nera e del torrente Serra. Accanto alla trota fario (Salmo trutta Linneaus), si trovano altre specie in quantità limitata: la trota iridea (Oncorhinchus mykiss), il vairone (Leuciscus souffia muticellus), lo scazzone (Cottus gobio) e lo spinarello (Gasterosteus aculeatus), quest'ultimo particolarmente raro. La presenza numerica della trota fario nelle zone a bordo del fiume Nera e del fiume Velino è influenzata negativamente dalla scarsa qualità dell'acqua. La presenza della trota fario è stata confermata in tutte le località tranne che nel tratto del fiume Nera da Maratta a Narni. La trota marmorata è stata introdotta e la sua presenza è sporadica nel bacino del fiume Nera, con un esemplare catturato nel fiume Velino, a monte dell'emissario del lago di Piediluco, probabilmente proveniente dai ripopolamenti nel tratto reatino del fiume Velino.
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